سامانه همایش‌ها TSTA | ثبت‌نام و ارسال مقاله کنفرانس‌ها و کنگره‌های ملی

صفحه اصلی / سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران

Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks

نویسندگان :

Reza Tahmasebi¹ Eghbal Mansoori² Armin Piashehvar³ Abbas Mehrbaniyan⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- دانشگاه شیراز

کلمات کلیدی :

Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase

چکیده :

Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.

لیست مقالات

لیست مقالات بایگانی شده

استفاده از هوش مصنوعی در بهینه‌سازی حسابداری و حسابرسی نهادهای دولتی

سعید نوری - مرتضی گل محمدی

اینترنت اشیا:امنیت و کاربرد ها در پزشکی و صنعت

سجاد یوسفی - مریم پورنجف - مبینا رضایی

Induced Pluripotent Stem Cells -Derived Dopaminergic Neuron Transplantation for Parkinson’s Disease

Atena Parsaeian - Peyvand Naserisalehabad - Najmeh Najmoddin

تأثیر حسابداری رفتاری و روانشناسی مالی بر تصمیم گیریهای مالی و اقتصادی

یاسر رضایی - مینا قنبری

Using Advanced Ensemble Machine Learning Models to Predict Traffic in SDN-Based Networks: A Comparative Study of Bagging, Boosting, and Stacking Approaches

Raha Pakzad - Sasan GharaPasha - Nasrin Firouz - Ramin Habibzadehsharif

نظریه بازی در کارآفرینی: مروری بر ادبیات

رعنا شهدآور - فاطمه اصدقی - فائزه فتحی

Recovery of Hand Motor Function in Children with ‎Hemiparetic Cerebral Palsy using an Interactive ‎Computer Game Combined with Mechanoreceptor ‎Stimulation: A Pilot Study

Mobina Ramezani - Shahed Salehzehi - Parisa Hosseini - Zahra Alizadeh Sarborj - Ghazal Mohammadzadeh - Hamid Reza Kobravi - Narges Hashemi - Mehran Beiraghi Toosi - Javad Akhondian

بررسی تاثیر خدمات حسابرسی برکیفیت گزارشگری مالی با تاکید بر نقش حسابرسان دارای تخصص حسابداری

امیر اقاعلی زاده دارانداشی - فاطمه صمدی

Short-term gains vs. long-term Success: Reward strategy design for reinforcement learning in football

Mohammad Pashaei - Amirhossein Tayebi - Hadi Amiri - Ali Fahim

بررسی تطبیقی چالش های قراردادهای هوشمند مبتنی بر بلاکچین در نظام حقوقی ایران با کشورهای آلمان و آمریکا

رضا بیرانوند - شیما ملامحمدی

بیشتر