tsta

فارسی

Home / سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران

Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks

Authors :

Reza Tahmasebi¹ Eghbal Mansoori² Armin Piashehvar³ Abbas Mehrbaniyan⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- دانشگاه شیراز

Keywords :

Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase

Abstract :

Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.

List of archived papers

مدیریت زنجیره تأمین پایدار، اقتصادهای نوظهور، فناوری بلاک‌چین، داده‌های مکانی، شفافیت، ردیابی و اعتماد اجتماعی

علیرضا خرمی

بررسی رابطه مدیریت سرمایه در گردش با عملکرد مالی در بورس اوراق بهادار تهران

علی مبارکی

مروری بر کاربردهای هوش مصنوعی درصنعت

امیرپاشا گرگان نژاد - لاریسا خدادادی

نگاهی جامع به مسئولیت اجتماعی و نقش برجسته آن در مدیریت سازمان‌ها و بنگاه‌های تجاری

قاسم رحیمی ریگی - محسن رشیدی باغی - مهنام ملایی

Improving Effectivity of repetitive Transcranial Magnetic Stimulation in Treatment of Amyotrophic Lateral Sclerosis by Designing New Protocol and Using Machine Learning

Ali Abedi - Gholamreza Moradi - Reza Sarraf Shirazi - Mehran Jahed

روش نرم‌افزاری برای پیش‌بینی انتشار آلاینده اکسید نیتروژن با استفاده از معماری شبکه عصبی کانولوشنی عمیق

فرناز حسینی

Stem cell engineering in tissue repair: A Review of Therapeutic Perspectives

Farnaz Mozayani - Mohammadbagher Kargar

ایجاد یک استراتژی پایدار برای حاکمیت شرکتی یکپارچه مبتنی بر عملکرد پایداری

رعنا شهد آور - ابوالفضل بابایی لک لر - حسین قهرمانی

The Technological Pillars of Smart Hospitals: A 2022–2025 Review of IoMT, Wearables/RTLS/RFID, Robotics (IoRT), and VR/AR

Ali Karaminejad - Naeme Kadkhodai Eliaderani - Sahar Jafari - Mahdi Jafari Asl

Optimization of the Mechanical Properties of PVA/Gelatin Hydrogel Reinforced with Polycaprolactone Nanofibers Using the Finite Element Method

Mohadeseh Nazouri - Iman Zoljanahi Oskui - Hadi Taghizadeh

more

Samin Hamayesh - Version 42.5.2