tsta

فارسی

Home / سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران

Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks

Authors :

Reza Tahmasebi¹ Eghbal Mansoori² Armin Piashehvar³ Abbas Mehrbaniyan⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- دانشگاه شیراز

Keywords :

Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase

Abstract :

Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.

List of archived papers

Geometry-Aware Anisotropic Total Variation Regularization for Limited-View Photoacoustic Tomography

Amirreza Jodeiry - Zahra Kavehvash

تشخیص حملات اینترنتی با مدل های زبانی بزرگ تقطیری در شبکه های توزیع شده

جواد جهانگیری درزه کنانی - امین بابازاده

جنبه‌های حقوقی سود حاصل از تسعیر و انتقال ارزهای دیجیتالی از نظر قوانین و مقررات مالیاتی

پردیس بهاج - سید مرتضی موسوی‌نژاد - مرتضی بیک‌زاده

مدیریت زنجیره تأمین پایدار، اقتصادهای نوظهور، فناوری بلاک‌چین، داده‌های مکانی، شفافیت، ردیابی و اعتماد اجتماعی

علیرضا خرمی

هوش مصنوعی در ارزیابی عملکرد کارکنان دولت: چالش‌ها، فرصت‌ها و پیامدهای اخلاقی

حسین بوداقی خواجهءنوبر - بهارک یادگار جمشیدی

تاثیر ارتباطات سیاسی بر ارزش و عملکرد شرکت ها

رعنا شهدآور - علی بیرامی مرزرود

طراحی سیستم تشخیص نفوذ مبتنی بر یادگیری فدراسیونی در شبکه‌های توزیع‌شده اینترنت اشیا

سیدکاظم سیدولیلو - امین بابازاده سنگر

تأثیرات دیجیتال‌سازی بر مدل‌های کسب‌وکار و استراتژی‌های بازار.

سجاد یوسفی - مریم پورنجف - سیده محدثه موسوی - نازنین حسنوند

Perfluorocarbon-Based Oxygenation Systems: From Foundational Principles to Revolutionary Applications in Cancer Therapy and Tissue Engineering

Gity Mirzaei - Zeinab Mazloumi - Ali Baradar Khoshfetrat

Simulation and evaluation of the impact of magnetic source geometry on mechanical stress and magnetic flux distribution in cancerous tumors

Alireza Heydari - Mahdi Halabian - Borhan Beigzadeh - Majid Siavashi

more

Samin Hamayesh - Version 42.4.1