tsta

فارسی

Home / سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران

Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks

Authors :

Reza Tahmasebi¹ Eghbal Mansoori² Armin Piashehvar³ Abbas Mehrbaniyan⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- دانشگاه شیراز

Keywords :

Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase

Abstract :

Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.

List of archived papers

رابطه میان ماکیاولیسم و بی طرفی حسابرس

میر امید یوسفی شارمی - بهمن بنی مهد - مهدی مرادزاده فرد - بهرام همتی

ارتباط بین عملکرد پایداری و کارایی سرمایه‌گذاری با نقش تعدیل‌گری ارزش شرکت

مهدی زینالی - محمد کیانی - سونیا کیوان بد

Optimization of AODV Routing Protocol in Ad Hoc Networks Using Particle Swarm Optimization Algorithm

Jalileh Alboshokeh - Touraj Mohammadpour

تشخیص حملات اینترنتی با مدل های زبانی بزرگ تقطیری در شبکه های توزیع شده

جواد جهانگیری درزه کنانی - امین بابازاده

بررسی تأثیر مالکیت نهادی بر رابطه بین انحراف استراتژیک شرکت از صنعت و گزارشگری پایداری

ناصر مست چمن - محمد پورکریم

بازسازی و تحلیل سیگنال ECG از نسخه‌های چاپی نوار قلب به‌منظور طبقه‌بندی خودکار بیماری‌های ایسکمیک قلب با استفاده از شبکه‌های عصبی کانولوشنی

فاطمه کیخا - مهدیه قاسمی - سید مهدی صالحی

مروری بر نظام مسئله پیش‌بینی محبوبیت اخبار و الگوریتم‌های ارائه شده برای آن

مجتبی ولی پور - مجید عبدالرزاق نژاد

بررسی نقش شفافیت اطلاعات مالی و حسابرسی مالیاتی در بهبود تمکین مالیاتی و تأثیر آن بر رشد اقتصادی پایدار

الهه آقاخانی - مرتضی خانلاری

پیاده سازی مسیر یابی هوشمند بر اساس انرژی برای شبکه حسگر بی سیم

حمداله مهرآیین

محاسبه نیروی عضلانی اندام تحتانی و نیروی تماسی مفصل زانو در بیماران مبتلا به استئوآرتریت زانو

مجتبی صفری - محمد نجفی آشتیانی - فاطمه السادات علوی

more

Samin Hamayesh - Version 43.6.0